Kenmerken

Er zijn tegenwoordig 5079 verschillende soorten hagedissen, die allemaal een schubbenhuid hebben maar qua lengte en lichaamsvorm sterk verschillen. De kleinste soorten worden slechts enkele centimeters lang, de grootste soorten worden meer dan drie meter. Ondanks de variatie in lengte en de verschillen in uiterlijk volgen de hagedissen over het algemeen ongeveer hetzelfde bouwplan. Opvallend zijn het langwerpige lichaam dat bestaat uit een lange romp en lange staart, maar een relatief kleine, platte kop. De vier gebogen poten staan niet naar onderen, maar zijwaarts gericht, waardoor de buik over de grond sleept. De schedel is kenmerkend: de vorm en de plaatsing van de neusgaten, gehoororganen en ogen is onmiskenbaar en makkelijk te onderscheiden van krokodilachtigen en schildpadden.

Door de afgeplatte lichaamsvorm en de platte kop kunnen hagedissen makkelijk onder en tussen stenen en andere objecten kruipen. Er zijn echter uitzonderingen, sommige gravende soorten hebben een rolrond lichaam en korte staart, de kameleons hebben juist een zijdelings afgeplat, blad-achtig lichaam, een oprolbare grijpstaart en een grote, brede kop. Ze lijken qua bouw niet op een van de andere hagedissen.

Huid

De huid van een hagedis is altijd bedekt met schubben. De huid bestaat uit twee lagen, die ook weer zijn opgebouwd uit verschillende lagen. Van binnen naar buiten bestaat de huid uit de lederhuid en opperhuid, dit is het bovenste, zichtbare deel van de huid. Een schub is opgebouwd uit vele zeer dunne laagjes keratine, ook eventuele stekels en hoorns worden uit keratine opgebouwd. Naast bescherming hebben de schubben een isolerende functie. Ze zijn waterafstotend en hebben geen poriën. Zo wordt voorkomen dat de hagedis uitdroogt. Een nadeel is dat de hagedis niet kan zweten om af te koelen.

Net als andere reptielen moeten hagedissen regelmatig vervellen. Alleen tijdens de vervelling vindt wondgenezing plaats. Dit is de reden dat hagedissen - net als andere reptielen - maar langzaam herstellen van verwondingen.

Hoe vaak een hagedis vervelt hangt onder andere af van het levensstadium van een hagedis. Vooral als ze klein zijn groeien ze snel. Oudere hagedissen vervellen minder vaak. In tegenstelling tot slangen (die in één keer vervellen) en schildpadden en krokodillen (waarvan de schubben of hoornplaten één voor een loslaten) vervellen hagedissen in flarden. De oude huid scheurt steeds verder af tot deze geheel is vervangen. De nieuwe huid ziet er helder uit van kleur, is gladder en is direct droog.

Hagedissen die van kleur kunnen veranderen, zoals kameleons, veel anolissen, gekko's en echte hagedissen, doen dit door de pigmenten in de huid te herverdelen, zodat een andere kleur ontstaat. Lange tijd werd gedacht dat van kleur veranderen werd gebruikt om minder op te vallen in de natuurlijke omgeving. Het veranderen van kleur heeft echter voornamelijk te maken met omgevingsomstandigheden zoals lichtintensiteit, omgevingstemperatuur en luchtvochtigheid. Met name de soorten die een behoorlijke kleuromslag kunnen maken, zoals kameleons, veranderen van kleur om hun expressie te tonen. Een gestresste of boze hagedis kleurt donkerder. Een hagedis die een soortgenoot van de andere sekse probeert te lokken zal heel bonte kleuren vertonen. Beroemd zijn de zwangere vrouwtjes van verschillende soorten kameleons, die niet alleen heel snel van kleur veranderen, maar bovendien in de natuur uitzonderlijke kleuren tonen, zoals roze en blauw. Ze doen dit om aan te geven dat ze al zwanger zijn.

Kop

De kop van een hagedis is meestal sterk afgeplat. De schubben op de kop van de hagedis zijn vaak groot en glanzend. Sommige hagedissen hebben grove stekels, kammen die gevormd zijn uit vergroeiingen van de schedel of zelfs hoorn-achtige uitsteeksels op de kop.
De bek van hagedissen bevat tanden die niet in tandholten geplaatst zijn zoals bij de zoogdieren. Ze zijn verbonden met de binnenkant van het kaakbeen of zitten bovenop de kaakbeenrand. Niet alleen de boven- en onderkaak dragen tanden maar ook in het gehemelte kunnen tanden aanwezig zijn.

De tong van hagedissen dient niet om mee te proeven, maar voornamelijk om te ruiken. Net als bij de slangen wordt de tong regelmatig uit de bek gestoken om zo geurdeeltjes op te vangen. Die worden naar het orgaan van Jacobson gebracht, een in het gehemelte gelegen orgaan met geurreceptoren. Hierdoor kan een hagedis potentiële prooien en vijanden opmerken voordat deze in het zicht zijn. De tong wordt ook gebruikt voor het drinken van dauwdruppels. Na een maaltijd wordt de bek met de tong schoongelikt om voedselresten te verwijderen.

De ogen zijn relatief klein. Ze staan aan de zijkant van de kop en zijn duidelijk zichtbaar. De pupil kan rond, ovaal of spleetvormig zijn. Dagactieve soorten hebben een ronde pupil, nachtactieve hagedissen hebben vaak een spleetvormige, verticale pupil. De iris heeft bij hagedissen verschillende kleuren, variërend van groen, bruin, grijs, oranje, rood of geel.

Veel hagedissen, zoals leguanen en agamen hebben ook een derde oog, welke gelegen is op het midden van de bovenzijde van de kop. Dit 'oog' is zeer primitief en anatomisch niet te vergelijken met de andere ogen, het bestaat uit lichtgevoelige cellen onder de huid, die in directe verbinding staan met de epifyse of pijnappelklier. Het derde oog speelt onder andere een rol bij het bepalen van het dag- en nachtritme van de hagedis. Ook kunnen van boven aanstormende vijanden worden opgemerkt, omdat deze een verandering van het invallende licht veroorzaken.

Hagedissen hebben uitwendige ooropeningen, in tegenstelling tot slangen, en een goed ontwikkeld binnenoor. Ze kunnen geluiden waarnemen maar gaan voornamelijk af op vibraties in de grond om mogelijke vijanden te ontlopen.

Ledematen

De meeste hagedissen hebben vier pootjes met aan iedere poot vijf tenen, die vrij lang zijn en nagels dragen. De poten en met name de klauwen verschillen afhankelijk van de functie in vorm, grootte en krachtigheid, dit hangt vaak samen met de groep waartoe de hagedis behoort. Soorten die in bomen leven hebben grote poten met kromme klauwen en vaak lange, kromme nagels. Gekko's en anolissen zijn in het bezit van lamellae, kleine gleufjes met een zeer groot aantal kleine haartjes die elk weer vele uitlopers hebben. Hierdoor ontstaat zeer goed contact met de ondergrond waardoor ze overal tegen blijven plakken, zelfs tegen gladde oppervlakken zoals glas.

Hagedissen die op de bodem leven hebben ook vaak grote, krachtige poten en lange klauwen om zich snel uit de voeten te kunnen maken. Veel bodembewoners zijn erg bedreven in het graven van holen om snel weg te kruipen en te schuilen. Hierbij komen de krachtige poten goed van pas. Hagedissen die veel zwemmen hebben korte maar krachtige poten. De tenen zijn vaak voorzien van vliezen om efficiënter te kunnen zwemmen. Dergelijke soorten zijn veelal boombewoners, die bij gevaar in het water springen om te ontkomen. Een aantal hagedissen heeft gereduceerde ledematen of zelfs helemaal geen poten, voorbeelden zijn skinken en hazelwormen.

Staart

Alle hagedissen hebben een staart, die in veel gevallen net zo lang is als het lichaam. De staart wordt bij het rennen als balans gebruikt, veel klimmende soorten hebben een meer beweeglijke staart die dient als extra grijporgaan. De kameleons zijn de bekendste groep van hagedissen met een grijpstaart. Bij het zwemmen wordt de staart voor de voortstuwing gebruikt door deze snel heen en weer te bewegen.

De staart kan bij veel hagedissen worden afgeworpen als deze wordt vastgepakt door een vijand. Dit wordt autotomie genoemd en komt onder andere voor bij gekko's en echte hagedissen, maar niet bij kameleons, agamen en varanen. Als de staart wordt afgeworpen, gebeurt dit altijd bij een speciaal gevormde, zwakkere staartwervel. Het afwerpen van de staart kan door de hagedis worden gestuurd. Na te zijn afgeworpen blijft de staart kronkelen doordat de lichaams-onafhankelijke zenuwen en spieren na de breuk nog enige tijd actief blijven. Hierdoor zal een vijand sterk aangetrokken worden door de spastisch bewegende staart zodat de hagedis kan ontsnappen. De vijand wordt zo afgeleid en heeft tevens wat te eten omdat de hagedis zijn staart als vetopslag gebruikt. De staart groeit na verloop van tijd weer aan maar heeft een afwijkende, donkere kleur en blijft kleiner omdat de staartwervels niet meer aangroeien, de opslagcapaciteit van lichaamsvet is hierdoor kleiner.

Sommige hagedissen gebruiken afwijkende vormen om verwarring tussen kop en staart te veroorzaken. Bij enkele gekko's en skinken lijkt de kop sprekend op de staart zodat een vijand wordt misleid en de verkeerde kant aanvalt. Met name de grotere soorten gebruiken hun staart als slagwapen en kunnen met de staart een klap uitdelen. Bij veel in het water levende soorten is de staart zijdelings afgeplat zodat de voortstuwende werking wordt vergroot.