Voortplanting

De voortplanting van hagedissen vindt plaats in de lente, zodat aan het begin van de zomer de eitjes worden gelegd als het warm is. Aan het eind van de zomer komen ze uit.

Geslachtsonderscheid

Mannetjes en vrouwtjes zijn vaak seksueel dimorf, wat betekent dat het mannetje en het vrouwtje iets afwijkende kenmerken hebben. Dit is vaak echter pas bij volwassen exemplaren te zien omdat de jonge dieren nog niet alle uiterlijke kenmerken hebben. Mannetjes zijn vaak forser gebouwd en hebben een grotere kop, dikkere staart en worden gemiddeld langer dan vrouwtjes. Bij veel soorten als kameleons die hoorns of andere uitsteeksels hebben, zijn deze bij de vrouwtjes onderontwikkeld of ontbreken. Met name in de paartijd krijgen de mannetjes van veel soorten een felle kleur. Bij sommige soorten is er weinig verschil tussen de man en de vrouw. Aangezien hagedissen geen uitwendige geslachtsorganen hebben zijn de seksen dan moeilijk uit elkaar te houden.

Door te sonderen, te kijken hoe diep de cloaca is, kan het geslacht betrouwbaar bepaald worden. Ook door naar de vorm en grootte van de femoraalporiën te kijken kan het geslacht worden vastgesteld. De femoraalporiën zitten aan de onderzijde van de dijen en dienen om geurstoffen af te geven die de andere sekse lokt. De poriën zijn bij mannetjes altijd sterk vergroot en scheiden een harde, vettige, gele stof af. De afscheiding heeft een prikkelende werking op de andere sekse. Vermoed wordt dat het vrouwtje de chemische stoffen in de afscheiding als het ware 'uitleest' en zo informatie verkrijgt over de gezondheid van het mannetje en haar partnerkeuze hierop baseert.

Opmerkelijk is dat bij veel soorten die in groepen leven de minst dominante mannetjes meer op vrouwtjes gaan lijken; ze blijven kleiner en typische mannelijke kenmerken als een dikkere staart, grovere stekelkam of grotere kop worden minder goed ontwikkeld. Dit komt door de stress waaraan ze onderhevig zijn maar ze hebben hierdoor minder te duchten van de dominante mannetjes. Andersom gaat het ook op, dominante vrouwtjes lijken meer op mannetjes.

Paring

Als een koppeltje elkaar gevonden heeft, vindt de paring plaats. Hagedissen kennen een inwendige bevruchting. Het mannetje moet contact maken met de cloaca van het vrouwtje, wat bemoeilijkt wordt door de staart. Daarom hebben mannelijke hagedissen een 'dubbele', eigenlijk gesplitste, penis. Het geheel noemt men een hemipenis (hemi betekent 'half'). De gepaarde penis maakt contact aan beide zijden mogelijk wat de paring vergemakkelijkt omdat het mannetje zowel links als rechts contact kan maken. De hemipenis dient overigens uitsluitend voor de zaadoverdracht, en wordt niet gebruikt als urinebuis. Tijdens de paring bijt het mannetje vaak in de nek van het vrouwtje. Het kan er behoorlijk heftig aan toe gaan waarbij het eerder lijkt of de dieren vechten. Het komt dan ook vaak voor dat er na de paring verwondingen te zien zijn.

Incubatie

Na de paring worden de eitjes bevrucht. Van sommige hagedissen, zoals enkele varanen en kameleons, is bekend dat ze het sperma een tijdje kunnen opslaan om het later pas te gebruiken voor de bevruchting. De meeste hagedissen leggen eieren. Typische eierleggende groepen zijn leguanen en gekko's. Een gezond vrouwtje produceert - ongeacht of er een paring of bevruchting heeft plaatsgevonden - ieder jaar eitjes. Tijdens de zwangerschap wordt vaak niet gegeten, dit komt omdat er simpelweg geen plaats is voor voedsel in de sterk opgezwollen buik. Net als andere reptielen kunnen hagedissen lange tijd teren op hun reserves waardoor de vrouwtjes geen schade ondervinden aan de zwangerschap. Hagedissen die eieren leggen begraven deze vaak ondiep in de bodem, zodat ze niet zichtbaar zijn voor vijanden maar makkelijk opgewarmd worden door de zon. De meeste soorten produceren enkele tientallen eieren per jaar, die in één legsel worden afgezet. Sommige anolissen produceren slechts één ei per legsel, bij de gekko's zijn twee eieren per legsel gebruikelijk.

Hagedissen hebben zoals alle reptielen geen geslachtschromosomen; het geslacht wordt in het ei bepaald door de omgevingstemperatuur. Bij een bepaalde ideale temperatuur, die per soort verschilt, kruipen er voornamelijk mannetjes uit het ei. Bij een hogere óf lagere temperatuur ontstaan vrouwtjes. De eitjes mogen na het afzetten niet gedraaid worden omdat het embryo hierdoor kan sterven.

Ei

De meeste hagedissen leggen eieren, enkele zijn eierlevendbarend. Dit betekent dat de eieren geen harde schaal hebben maar een dun vliesje. De jongen komen dan al in het moederdier uit, voordat ze worden geboren. Dit dient om in koelere streken, waar het te koud is voor de ontwikkeling van de eieren, toch te kunnen overleven. Het vrouwtje draagt de eieren bij zich tot ze volledig zijn ontwikkeld. Een nadeel van eierlevendbarendheid is de relatief langere zwangerschap. Ze kunnen hierdoor langere tijd niet eten, het vluchten voor vijanden gaat moeizamer en omdat de ontwikkeling van het nageslacht bij levendbarende soorten langzamer gaat, worden niet ieder jaar eitjes geproduceerd. Eierleggende soorten kunnen vaak meerdere legsels per jaar produceren.

Juveniel

Na het afzetten van de eitjes verlaat het moederdier het nest. Broedzorg is vrij uitzonderlijk bij hagedissen. Als de jonge dieren uit het ei kruipen staan ze er alleen voor. Bij het openen van het leer-achtige ei wordt gebruik gemaakt van de eitand, een verbeend uitsteeksel aan de snuit dat enkel dient om het ei te openen en enige tijd later loslaat. Jonge dieren moeten vaak uitkijken voor grotere soortgenoten. Veel hagedissen zijn kannibalistisch. Kleinere hagedissen die in tropische gebieden leven zijn vaak na een jaar volwassen, bij grotere soorten of soorten die in meer gematigde streken leven kan het vele jaren duren voordat de hagedis geslachtsrijp is. De levensverwachting van hagedissen hangt sterk af van de groep, de levensomstandigheden en de grootte. De meeste kleinere soorten leven 1 tot 5 jaar, grotere soorten kunnen een leeftijd van 10 tot 20 jaar bereiken.